Covid-19: avec le variant Eris, le retour d’un protocole sanitaire?

Covid-19: avec l’arrivée du variant Eris, le retour d’un protocole sanitaire?

Alors que l’on observe une recrudescence de suspicions de Covid-19 en France et en Europe, tentons d’y voir plus clair dans un contexte brumeux.

Le début de l’été a été marqué par une sorte d’insouciance sur le front du Covid. Mais, depuis début août, le nombre de cas apparaît en augmentation. Le 4 août, les médias nationaux et régionaux titraient sur une flambée de cas après les fêtes de Bayonne qui ont réuni 1,3 million de participants en cinq jours. Une infirmière dans un centre de dépistage témoignait d’un taux de positivité des tests de 70 à 80% alors que du côté de la cellule régionale Nouvelle-Aquitaine de Santé publique France, l’incidence était annoncée de 13 cas pour 100.000 habitants.

Depuis lors, un nouveau variant EG.5.1 –surnommé par certains chercheurs et dans les médias «Eris»– semble se propager rapidement dans le monde, tout en gagnant du terrain en Europe et en France notamment. Difficile cependant d’avoir une idée précise de l’ampleur du phénomène car les pouvoirs publics ont, un peu partout en Europe, baissé la garde en matière de veille sanitaire. En France, que reste-t-il comme instruments fiables de mesure de l’épidémie depuis l’arrêt du traitement des données personnelles issues du système d’information du dépistage (SI-DEP), basé sur les résultats de tests RT-PCR et tests antigéniques le 1er juillet?

De fait, plus grand-chose: nous ne disposons plus des autrefois familiers nombres de cas quotidiens, ni du taux de dépistage, ni encore du taux de positivité, et bien sûr pas de publication du R effectif non plus. Toutefois, il demeure une veille sanitaire allégée qui permet de prendre le pouls de la circulation du virus en France.

Elle se compose notamment:

• des indicateurs relatifs à la surveillance des symptômes: recours aux associations SOS Médecins pour les soins de ville, aux urgences hospitalières (réseau OSCOUR®) et indicateurs de mortalité (décès toutes causes de l’Insee et issues de la certification électronique du CépiDC);
• de la surveillance génomique réalisée par le consortium Emergen via la réalisation hebdomadaire des enquêtes Flash, qui permet d’identifier de manière réactive l’émergence de nouveaux variants pouvant avoir un impact en matière de santé publique;
• de la remontée des tests PCR par les laboratoires publics et privés via Neo SI-DEP, mais on sait que ces tests sont de plus en plus rarement réalisés. Que nous apprennent les chiffres disponibles aujourd’hui? D’après le bulletin de Santé publique France du 23 août, la tendance est à la hausse de manière continue sur tous les indicateurs disponibles.
• Du côté des associations SOS médecins, les actes médicaux pour suspicion de Covid sont en hausse: 670 actes étaient enregistrés sur la semaine du 14 au 20 août 2023 contre 1.888 la semaine précédente, soit +41%. Cette hausse est comparable (+43%) chez les enfants de 2 à 14 ans et les adultes de 15 ans et plus, et reste moindre chez les enfants de moins de 2 ans.
• Du côté des passages aux urgences, une hausse pour suspicion de Covid est constatée chez les moins de 2 ans (+54% soit +107 passages) et les 15-74 ans (+56% soit +426 passages) et dans une moindre mesure chez les 75 ans et plus (+13% soit +76 passages). Toutefois, le taux d’hospitalisation après passage est en baisse: 30% (contre 37% la semaine précédente).
• Enfin, l’incidence –à prendre avec quelques pincettes car cet indicateur ne reflète que les cas confirmés biologiquement en laboratoire et non la situation réelle (moins de tests dans l’ensemble et recours aux tests pouvant varier dans le temps, non-prise en compte des résultats des tests réalisés en officine ni des autotests)– reflète également une hausse avec une augmentation de 47% par rapport à la semaine précédente, passant de 12,4 à 18,2 cas confirmés en laboratoire pour 100.000 habitants.

Contrôler la multiplication des variants

Que faire de ces données parcellaires dont on aimerait qu’elles soient étayées par une veille sanitaire digne de ce nom? Est-il acceptable que les pays européens ne se dotent pas d’instruments fiables de veille sanitaire pour leur permettre de connaître la situation épidémiologique avec un peu de précision? Pourquoi la France ne dispose-t-elle toujours pas d’une analyse performante de ses eaux usées, dont on sait qu’il s’agit d’un moyen fiable, peu coûteux et qui peut couvrir l’ensemble du territoire national, en fournissant des données quotidiennes accessibles à tous, en temps réel, y compris sur d’autres risques sanitaires comme la grippe ou l’émergence d’un nouveau variant du coronavirus, par exemple?

À ce jour, et dès lors que le variant d’Omicron, EG.5.1 s’est déjà assez largement diffusé de par le monde, on comprend qu’il est plus transmissible que ses prédécesseurs les plus récents également issus du variant XBB, c’est-à-dire que nous ne sommes pas à l’abri d’une vague assez forte de contaminations dans les semaines à venir. En revanche, rien ne dit à l’heure actuelle qu’EG.5.1 est plus virulent. S’il semble souvent échapper à l’immunité acquise par la vaccination et les infections passées et provoquer des cas de Covid, en revanche il n’est pas rapporté de symptômes atypiques ou plus sévères que ses prédécesseurs. Quant aux Covid longs, il est encore trop tôt pour se prononcer.

Dans le même temps, un autre nouveau sous-variant d’Omicron, le BA.2.86, qui s’éloigne des sous-variants XBB, a fait son apparition mi-août avec quelques cas recensés en Israël, aux États-Unis, au Royaume-Uni et au Danemark –autant de pays où il a certainement circulé à bas bruit depuis un petit moment.

Les eaux usées du Japon, de Suisse, et des États-Unis parlent aussi et révèlent la circulation du nouveau variant dans ces pays qui les analysent. Au vu du petit nombre de cas rapportés, on en sait encore peu sur son compte. On sait qu’il présente un très grand nombre de mutations pourtant sur des sites stratégiques de son génome codant pour la protéine Spike. Mais gardons en tête que l’on est toujours incapable aujourd’hui de prédire la virulence, c’est à dire sévérité des infections qu’il provoque, sur la seule base de l’analyse des mutations du virus. Une vigilance prudente et raisonnée est donc là aussi de mise.

Le casse-tête de l’air intérieur

Quand nos pouvoirs publics, mais aussi la population, exprimeront-ils leur lassitude devant le retour périodique de ce coronavirus dans un ballet incessant de ses sous-variants? Avec son lot de souffrances pour ceux qui feront des formes graves –hospitalisations et décès– ou des formes persistantes (Covid longs) et son coût exorbitant, tant au niveau sanitaire qu’aux niveaux économique et social avec l’absentéisme scolaire et professionnel. Évidemment, et c’est l’un de nos leitmotivs depuis des mois sinon davantage, le soin porté à l’amélioration de l’air intérieur permettrait de réduire considérablement les risques de contaminations dans les lieux clos, bondés et mal ventilés.

Mais à ce jour, force est de constater que les promesses n’ont pas été tenues et que, des écoles aux hôpitaux en passant par les établissements d’hébergement pour personnes âgées dépendantes (Ehpad), les entreprises, les bars, restaurants et transports publics, l’air intérieur n’est pas aussi sécurisé qu’il pourrait l’être. À la fin du XIXe siècle, il aura fallu cinquante ans pour se débarrasser du choléra à Londres, Paris et Berlin en assainissant l’eau que nous buvons. Combien de temps faudra-t-il attendre pour que nos pouvoirs publics se décident à éliminer enfin le coronavirus et les autres virus respiratoires de nos sociétés, en renouvelant, filtrant et purifiant l’air intérieur que nous respirons?

Naturellement, il nous faut aborder la question du masque qui reste un must-have pour réduire le risque d’infection par les virus respiratoires dans les lieux clos et les transports publics. Le moins que l’on puisse attendre de la part de ceux qui présentent des symptômes, c’est de porter un masque, à défaut d’un isolement strict, afin de protéger les autres et notamment les plus fragiles.

Pour le reste, et tout en sachant que l’infection peut être asymptomatique dans près de la moitié des cas, c’est évidemment à l’appréciation de chacun de décider de porter ou non un masque, plutôt de type FFP2, afin de réduire les risques d’être contaminé et de contaminer les autres puisque l’on ignore le plus souvent qu’on l’est soi-même. Il est dommage que l’absence actuelle d’indicateurs fiables rende si difficile pour les pouvoirs publics la décision de le rendre à nouveau obligatoire, au moins dans les hôpitaux et autres lieux de soin fréquentés par des personnes vulnérables ainsi que dans les Ehpad. Il est toujours regrettable de constater que l’ignorance guide la politique publique dans ce domaine.

Continuer à tester

Ensuite, abordons la question du testing. Faut-il encore se faire tester lorsque l’on a des symptômes, lorsque l’on n’a pas de facteur de risque de forme grave? La question se pose sans doute car, positif ou non au Covid-19, nous devrions avoir appris à être raisonnables et avoir pris le pli de protéger les autres quand on est malade, quel que soit le virus responsable. Mais nous ne sommes pas toujours raisonnables ou pas toujours dans la possibilité de l’être… À tout le moins, un test, qui ne sert finalement qu’à mettre une étiquette sur des symptômes, pourra être un déclic chez certains pour porter le masque, éviter les restaurants et autres lieux clos où le masque ne peut être porté en continu ou se mettre en télétravail.

Le test chez les contacts de sujets malades pourrait se discuter, car il permet d’identifier des personnes qui restent asymptomatiques et qui peuvent ainsi protéger les autres si elles se savent positives. En revanche, le testing revêt une véritable importance, essentiellement chez les personnes à risque parce qu’immunodéprimées, âgées ou enceintes.

En effet, pour elles, savoir qu’elles ont été contaminées, c’est pouvoir rapidement bénéficier d’un traitement antiviral qui permet de réduire la gravité des symptômes, d’éviter l’hospitalisation et parfois le décès prématuré. Or, cette stratégie «tester/traiter», l’une des seules qui justifiait pleinement le recours aux tests, n’a pas été déployée durant la pandémie, et ne l’est toujours pas, aujourd’hui encore, alors même qu’elle pourrait sauver de nombreuses vies et éviter des souffrances. On n’apprend pas beaucoup des leçons du passé, même récentes.

Vers une campagne de vaccination saisonnière?

Parlons enfin vaccins. Suivant les recommandations de la HAS, le site Ameli rappelle qu’il est «fortement recommandé aux personnes à risque de développer des formes graves du Covid-19 de recevoir des rappels après leur primo-vaccination, afin de maintenir leur immunité face au virus du Covid-19 à un niveau élevé» et qu’une «campagne de rappel sera organisée à l’automne 2023» sur le modèle de la grippe saisonnière. Cette recommandation de rappel est prévue pour mi-octobre alors que des formulations vaccinales anti-Covid visant les variants XBB devraient être disponibles courant septembre, en plus des vaccins de Novavax et de Sanofi qui ne sont pas basés sur l’ARN messager.

Ce rappel s’adressera tout particulièrement aux:

• personnes âgées de 65 ans et plus;
• personnes (à partir de 6 mois) atteintes de comorbidités ayant un risque plus élevé de forme grave de la maladie (hypertension artérielle compliquée, problèmes cardiaques, vasculaires, hépatiques, rénaux, pulmonaires, diabète, obésité, cancers, personnes transplantées, personnes atteintes de troubles psychiatriques ou de démence);
• personnes immunodéprimées;
• personnes enceintes;
• résidents en Ehpad et unités de soins de longue durée;
• personnes à très haut risque de forme grave selon chaque situation médicale individuelle et dans le cadre d’une décision partagée avec les équipes soignantes;
  personnes vivant dans l’entourage ou en contacts réguliers avec des personnes immunodéprimées ou vulnérables, y compris les professionnels des secteurs sanitaire et médicosocial.

Toutefois, le site de l’Assurance maladie précise bien que même sans faire partie de cette population cible, toute personne qui souhaite faire un rappel de vaccin anti-Covid peut le faire et pourra en bénéficier gratuitement. Ce rappel vaccinal à l’automne reste donc une décision personnelle qui permet de se prémunir des formes graves mais aussi, si la souche circulante n’est pas trop éloignée de la cible du vaccin administré, d’espérer réduire le risque de Covid et celui de Covid long et de ses symptômes.

Force est de reconnaître qu’après la période prévaccinale (2020 et début 2021), l’arrivée d’Omicron avec ses cinq fortes vagues de 2022 et l’hiver un peu compliqué que nous avons connu début 2023 avec la triple épidémie de Covid, grippe et VRS, nous connaissons désormais une accalmie salutaire depuis le printemps dernier, qui fait dire que la période d’urgence pandémique est bien derrière nous. Cependant, nous n’en avons pas fini avec le Covid, le coronavirus n’est pas éliminé de la planète, loin de là, et de nouveaux variants pointent leur museau avec des caractéristiques encore inconnues, tant en matière de transmissibilité que de virulence.

Nous aimerions désormais que la veille sanitaire soit plus fiable –afin justement de pouvoir nous adapter en fonction des indicateurs– et nous souhaiterions qu’un véritable effort soit porté sur la qualité de l’air intérieur. Nous voudrions que les pouvoirs publics aient l’ambition de chercher à éliminer la circulation des virus respiratoires de nos sociétés par un assainissement efficace de l’air que nous respirons, comme leurs prédécesseurs l’avaient fait à la fin du XIXe siècle vis-à-vis du choléra, lorsqu’ils ont décidé d’assainir les circuits de distribution de l’eau. Rêvons, enfin, de ne plus avoir à constater la rentrée des coronavirus à la fin de chaque été.

JForum avec Laure Dasinieres et Antoine Flahault — Édité par Elena Gillet  www.slate.fr

Le nouveau variant Eris gagne du terrain dans le monde et inquiète pour cette rentrée. | Towfiqu barbhuiya via Unsplash